تتكون الجمعية الدولية للمجلات العلمية الناشرة باللغة العربية من ثلاث هيئات إدارية مشرفة على الجمعية كما يلي:
الجمعية العمومية
وتتكون من جميع الأعضاء الرسميين الفاعلين المستكملين لشروط العضوية. وهي أعلى سلطة مشرفة على الجمعية وتتحمل المسؤولية العليا للنظر في القضايا الرئيسية التي تعرض عليها حسب النظام الأساسي والصلاحيات الممنوحة للجمعية، ومجلس الإدارة، والأمين العام للجمعية
مجلس الإدارة
ويتكون من أعضاء منتخبين من بين أعضاء الجمعية العمومية ويمثلون قارات العالم المختلفة لمدة عامين. ويزاول مجلس الإدارة صلاحياته حسب النظام الأساسي في الإشراف المباشر على سير عمل الأمانة العامة للجمعية
الأمانة العامة
هي الجهة التنفيذية ومنطلق المبادرات والمشاريع والفعاليات، وتتكون من الأمين العام ومساعديه والإدارة التخصصية